Die neuangesiedelte slawische Bevölkerung, nämlich die Kroaten, hatten allen Grund Tarsatica einzunehmen und eine neue Siedlung zu gründen. Die erste schriftliche Erwähnung der mittelalterlichen Siedlung stammt aus der ersten Hälfte des XIII. Jahrhunderts. Damals werden in den Geschichtsanalen zwei Siedlungen, TRSAT, auf dem Hügel an der linken Uferseite der Rječina, an der Stelle der liburnischen Siedlung TARSATE und Rijeka an der Küste anstatt der römischen Tarsatika erwähnt. Das Rijeka von damals ist ein gefestigte Stadt, eingepfercht zwischen Mauern mit Verteidigungstürmern, welche auf zwei Teile geteilt wurden. Im oberen Teil befand sich das mittelalterlichen Kastell und die Kirche des hl. Veit (daher die Bezeichnung Flumen Sancti Viti) und im Unteren befandsich das Handels- und Gewerbeviertel. In dieser Siedlung wurden die Begriffe Rika und Rijeka von den Bewohnern verwendet.

Zu Beginn und gegen Ende des XIV. Jahrhunderts befindet sich Rijeka unter der Herrschaft der Grafen von Devin, Fürsten von Krk (Frankopan) danach folgt die Familie Walsee und ab 1466 sind die Habsburger Herrscher von Rijeka. Zu dieser Zeit zählte Rijeka 3000 Einwohner. Im XVI. Jahrhundert kommt es zu einem wesentlichen wirtschaftlichen Aufschwung aufgrund des Handels mit Eisen, Öl, Holz, Wolle, Vieh und Leder. Ebenfalls im XVI: Jahrhundert ist eine Druckerei mit dem kroatischen Alphabet, der Glagoliza, tätig. Damals gab es an der linken Uferseite der Rječina, unterhalb der Siedlung Trsat keine Siedlung (heute steht dort Sušak), diese wird erst im XVIII. allmählich gegründet.

Die goldene Zeit der Handels schwächt in der zweiten Hälfte des XV. Jahrhunderts stark ab.
Handelswege werden durch Türkeneinfälle sowie Erbfolgekriege der ungarischen Krone und langanhaltende Konflikte mit Venedig unterbrochen. Gegen Ende der zweiten Hälfte des XVII. Jahrhunderts beruhigen sich die Kriegszustände.

Mit Ankunft der Jesuiten in Rijeka und Gründung des Jesuitengymnasiums kommt es zur Aufwertung des Bildungs- und Kulturbereichs. Ebenfalls erlebt die Romanverfassung zum Nachteil der kroatischer Sprache und der Glagoliza Schrift einen Aufschwung. Zu einer wesentlichen Stärkung der Wirtschaft von Rijeka kommt es im XVIII: Jahrhundert als Kaiser Karl VI. Rijeka zu einem unabhängigen Hafen ernennt. Bald aber wird die Position Ungarns innerhalb der Habsburg-Monarchie gestärkt und damit die Herrschaftsansprüche Ungarns an Rijeka als Tor in die Welt spürbar. Am Übergang vom XVIII. in das XIX. Jahrhundert befindet sich Rijeka unter französischer Herrschaft, danach sind wieder die Österreicher Herren von Rijeka.