El desarrollo de Rijeka incitó a la población eslava recién llegada, los croatas, a tomar Tarsatica y comenzar a construir un nuevo asentamiento. Las primeras noticias auténticas del asentamiento medieval datan de la primera mitad del siglo XIII, pero en las fuentes históricas de aquel entonces se mencionan dos asentamientos: TRSAT, en la colina en el lado izquierdo de Rječina, en el lugar del asentamiento liburnio TARSATA y RIJEKA, en la costa, en el lugar de la TARSATIKA romana. 

 

Esta es Rijeka, la ciudad fortificada, compactada dentro de los muros con varias torres defensivas, divididas en dos partes: la parte alta es un castillo medieval y la iglesia de San Vito (de ahí el nombre Flumen Sancti Viti) y la parte baja, el asentamiento popular, comercial y artesanal entre cuyos habitantes la denominación Rika o Rijeka es habitual.

 

Al principio y al final del siglo XIV, Rijeka está en posesión de los señores Devinski, los condes de Krk (los últimos Frankopan), a continuación, en posesión de la familia Walsee, y desde 1466, de los Habsburgos. Rijeka entonces tenía unos 3000 habitantes. 

 

El auge económico significativo se inició en el siglo XVI con el comercio de hierro, petróleo, madera, lana, ganado y cuero. En el siglo XVI funciona en la ciudad la imprenta con el alfabeto croata: el glagolítico. Luego, en la orilla izquierda de Rječina debajo de la aldea Trsat no hay asentamiento (Sušak); este se crea en el siglo XVIII. La edad de oro del comercio de Rijeka se debilita súbitamente en la segunda mitad del siglo XV. 

 

Las frecuentes invasiones turcas interrumpen las vías de circulación, así como las guerras de los aspirantes al trono húngaro; también, los largos conflictos de los Uscocos con los venecianos. La época de paz se inició en la segunda mitad del siglo XVII. La llegada de los jesuitas a Rijeka, así como la fundación de su instituto, mejora significativamente la vida educativa y cultural, y fortalece las lenguas romanas a expensas de la lengua croata y el glagolítico. 

 

La ventaja significativa de la economía de Rijeka se comienza a adquirir en el siglo XVIII. Entonces el emperador Carlos VI proclamó a Rijeka como puerto libre, pero pronto la Hungría reforzada como parte de la monarquía de los Habsburgo comienza a mirar a Rijeka como su salida al mundo. A comienzos del siglo XIX, Rijeka estaba bajo el dominio francés, y luego, nuevamente, bajo el dominio austríaco.